兩者在入庫條件、管理方式、勞務報酬占比等要求上有所不同。申報納入農業農村領域以工代賑工程項目庫的項目，需由項目業主或行業主管部門在立項報批前，報區政府同意按照以工代賑方式實施后方可入庫，實行“審定一項、入庫一項”。農業農村基礎設施建設領域以工代賑項目按照招標投標法和村莊建設項目施行簡易審批的有關規定要求，施工單項合同估算價在400萬元（含）以上的政府投資項目，按有關規定實行公開招投標；施工單項合同估算價在400萬元以下、不屬于必須招標范圍或未達到必須招標標準的點多面廣量大涉農項目，按有關規定不強制實行招投標，由項目單位自行組織實施；利用扶貧資金實行以工代賑、需要使用農民工的特殊情況，報區農業農村委認定，再由區公管局進行招標方案核準確認，可不進行招標。農業農村基礎設施建設領域以工代賑項目勞務報酬發放要求，原則上不低于該項目政府性投入資金（含上級資金）的20％。適用以工代賑的重點工程項目清單區發展改革委會同相關部門結合國家級、市級的適用以工代賑重點工程項目清單，分領域分年度明確區級適用以工代賑的重點工程項目清單，報區政府審定。實施以工代賑的重點工程項目在可研、概算等前期工作中應明確適用以工代賑的建設內容和用工環節等政策要求，項目招標投標、簽訂勞務合同過程中應明確當地群眾用工和勞務報酬發放要求等。實施以工代賑的重點工程項目在勞務報酬占比上暫無比例要求。